Çapraşık dişin meydana gelmesinin nedenleri içerisinde pek çok etken bulunmaktadır. Bu sebepler şu biçimde sıralanabilir:
Çene boyutu: Geçmiş zamanda tüketilen gıdalar sert ve işlenmemiş olduğundan dolayı daha çok çiğneme ve daha dayanıklı bir çene yapısı gerektirmekteydi. Yaşadığımız dönemdeyse pek çok kişinin yediği işlenmiş ve yumuşak besinlerse daha düşük çiğneme gerektirmektedir. İnsanlık tarihi döneminde geçirilen bu farklılık kolektif çene boyutunu farklılaştırmış ve küçültmüştür. Bu küçülme çapraşık ve doğru olmayacak şekilde hizalanmış dişlerin nedenleri içerisinde bulunmaktadır.
İyi olmayan miyofonksiyonel alışkanlıklar: Miyofonksiyonel alışkanlıklar, yüz kaslarını ya da ağız veya işlevlerine etki eden ve tekrar eden davranışlardır. Emzik, parmak emme ve biberon kullanma, ağızdan nefes alma ve dil itme bu davranışlar içerisinde yer almaktadır. Ön dişlerin çıkmasının ardından bilhassa başparmak emme alışkanlığı çocuğun dişlerine de etki edebilir. Çocuğun ön dişlerini ön tarafa doğru itebilir ya da muhtemelen açık kapanış meydana getirebilir. Bunun ile beraber, altı ya da yedi yaşının ardından parmak emme hala devam eder ise ön dişlerde doğru olmayan hizalanma ve üst çenede daralma ortaya çıkabilir. Bu sebep ile, çocuk henüz ufak iken parmak emme alışkanlığını kırmak oldukça mühimdir.
Doğru şekilde hizalanmamış çene: Alt ve üst dişlerin kapanışında yanlış hizalanma ortaya çıktığında, maloklüzyon yani doğru kapanış ortaya çıkmaz. İyi olmayan miyofonksiyonel alışkanlıklar bir maloklüzyonun meydana gelmesine sebep olabilir.
Genetik geçiş: Anne babalardan birinde ya da ikisinde de çapraşık dişin olması, çocuklarının dişlerinde de çapraşıklık olma oranını fazlalaştırır. Fazla dişler, normal olmayan derecede büyük dişler ya da küçük çeneler sebebi ile çapraşıklık ortaya çıktığında, genetik genel olarak mühim bir rol üstlenir. Ayriyeten anne babalarda var olan derin kapanış ya da açık kapanış da genetik olarak çocuklara aktarılmış olabilir. Alt çenede ilerleme, üst çene fırlaklığı ve çapraşık dişler gibi pek çok ortodontik sorun, genetikten büyük oranda etki görür ve çoğu zaman önüne geçilemez, fakat düzeltilebilir.
İyi olmayan ağız temizliği: Çocuklarda süt dişleri, gelecek zamandaki yetişkin dişler için yer tutucu görevini üstlenir. Süt dişini olduğundan erken düşüren bir çocuğun ağzında bulunan yan dişler düşürülen dişin yerine sürüklenerek, çıkmak için hazırlık yapan yetişkin dişin yerini daraltabilir. Bu sebep ile, çapraşık dişin ön tarafına geçebilmek için ilk olarak çocukların süt dişlerine güzel bakmak gerekir. Bu sebep ile gerek bebeklerde gerek de çocuklarda diş temizliği ve diş kontrollerini doğru ve düzenli bir biçimde yapılması büyük önem arz etmektedir.
Beslenme bozukluğu: Düzgün beslenememek, özellikle çocuklarda, diş çürümesine ve sağlıksız diş gelişimine yol açabilir ki bu durum çapraşık dişlerin potansiyel bir sebebi olabilir.
Travmalar ve yaralanmalar: Ağıza ya da yüze alınan bir darbe, dişi olduğu yerden oynatarak bir ya da birden daha çok dişin çapraşık olmasına sebep olabilir.
Diş eti rahatsızlığı: Diş etlerinde meydana gelen sıradan bir yaralanma ya da rahatsızlık gibi haller dişlere etki edebilir. Diş etinde meydana gelen rahatsızlıklar dişin gevşemesine, ısırmada bozukluk yaşanmasına ve diş hizasının farklılaşmasına yol açabilir.
Yaşlanma: Yaş aldıkça dişler ön tarafa doğru kaymaya başlar. Buradaki gerçek neden yaşlanmayla beraber çene kemiğinin seneler içerisinde yoğunluğunu yitirip, biçim değiştirmesi ve dişi ağzın ön tarafına doğru itmesidir. Bu neden ile yaşla birlikte çapraşıklık fazlalaşabilir.